Erisoodustuse puudumine ei tähenda automaatselt seda, et tekib sisendkäibemaksu mahaarvamise õigus.
Möödunud aasta 1. juulist jõustus tulumaksuseaduse (TuMS) muudatus, mille kohaselt ei loeta erisoodustuseks tööandja ettevõtlusega seotud kulutusi töölepingu alusel töötava töötaja transpordiks elu- ja töökoha vahel, kui töötaja elukoht asub vähemalt 50 kilomeetri kaugusel töökohast või kui tööandja korraldab transporti sõidukiga, millel on vähemalt kaheksa istekohta või bussiga liiklusseaduse tähenduses.
Tulumaksuseaduse muudatusega seoses tehti sisendkäibemaksu mahaarvamist puudutav muudatus ka käibemaksuseadusesse (KMS). KMS § 30 lg 41 alusel käsitletakse sõiduauto ettevõtluses kasutamisena ka töötajate transporti elu- ja töökoha vahel TuMS § 48 lg 51 sätestatud tingimustel.
Ettevõtjatel tuleb olla tähelepanelik selles osas, et hoolimata sellest, et töötajate transpordiks tehtud kulutust loetakse ettevõtlusega seotud kulutuseks, ei tähenda see alati, et sellelt kulutuselt saab ka sisendkäibemaksu maha arvata.
Maksuhalduri selgituse kohaselt peab käibemaksuseaduses olema vastav konkreetne säte, et sisendkäibemaksu mahaarvamine oleks lubatud.Vastavalt KMS § 29 lg 3 p 1 saab sisendkäibemaksuks lugeda käibemaksukohustuslase enda poolt teiselt käibemaksukohustuslaselt soetatud kauba või saadud teenuse eest tasumisele kuuluva käibemaksu. Kui äriühingu töötaja on ise ostnud elu- ja töökoha vahel sõitmiseks transpordipileti ning vastav kulu töötajale hüvitatakse, siis erisoodustust seejuures ei teki. Küll aga ei saa äriühing ikkagi sellise transpordipileti hinnale lisatud käibemaksu lugeda sisendkäibemaksuks ega seda maha arvata, kuna sõitjateveoteenuse saajaks ei ole käibemaksukohustuslane vaid eraisik.
Maksuhaldur on aga seisukohal, et juhul kui maksukohustuslane tellib veofirmalt spetsiaalselt teenuse töötajate kodunt tööle ja tagasi transportimiseks ja arve väljastab transpordifirma maksukohustuslasele, siis erisoodustust tulumaksuseaduse tähenduses ei teki ja ka nimetatud arve alusel saab sisendkäibemaksu maha arvata, sest arve on väljastatud maksukohustuslasele endale.
