Riigikohtu halduskolleegium tegi 1. detsembril 2016 otsuse nr 3-3-1-19-16, mis puudutab käibemaksuseaduse (KMS) kohaldamist põhivara soetamisel mahaarvatud sisendkäibemaksu korrigeerimisel (§ 32 lg 4 ja § 33).
Maksu- ja Tolliamet leidis, et OÜ Ostecon peab korteri soetamisel mahaarvatud sisendkäibemaksu iga kalendriaasta lõpus korrigeerima, sest algselt maksustatava käibe tarbeks soetatud korteri kasutusotstarve muutus ja tegelikult võeti see kasutusele maksuvaba käibe tarbeks.
Riigikohus asus seisukohale, et eespool mainitud juhul on ainuõige lähtuda korteri tegelikust kasutusest. Sisendkäibemaksu tuleb korrigeerida kõikidel neil aastatel, mil korter on maksuvaba käibena üürile antud. Arvesse tuleb võtta ka seda, et nendel aastatel ei ole õigust sisendkäibemaksu maha arvata. Proportsionaalse mahaarvamise printsiibist lähtuv maksuarvestus, mis oleks selles olukorras andnud täpselt vastupidise tulemuse ehk 100% ulatuses sisendkäibemaksu mahaarvamise, annaks moonutatud tulemuse ning oleks vastuolus sisendkäibemaksu mahaarvamise üldise eeldusega. Seega nõustus Riigikohus Maksu- ja Tolliameti sisendkäibemaksu korrigeerimise kohta tehtud otsusega.
